真空耙式干燥机根据物料特性与工艺要求，可选用填料密封或机械密封。填料密封通常采用柔性石墨、聚四氟乙烯等材料，填充于轴与填料函之间，通过压盖调节松紧度实现密封。其结构简单、更换成本低，适用于常规无毒害或不易泄漏的物料干燥。
对于含有机溶剂、剧毒或高渗透性物料，则优先选用机械密封。机械密封依靠弹性元件和流体压力使动、静环端面紧密贴合，形成径向密封面。其泄漏量极低、使用寿命长，更适合高真空、高转速或卫生级工况。针对制药等洁净要求，还可配置带接料冲洗腔的单端面卫生型机械密封，通过引入密封液或气体形成屏障，防止物料微粉侵入密封界面。密封系统的合理选型直接关系到设备真空度的维持能力、溶剂回收率及生产安全性。